ระหว่างการเลือกตั้งประธานาธิบดีไต้หวัน ค.ศ. 2000 หลี่สนับสนุนพันธมิตรฟั่นลวี่ซึ่งสนับสนุนให้ไต้หวันแยกตัวเป็นเอกราช ในช่วงสัปดาห์สุดท้ายหลี่ประกาศสนับสนุนนายเฉิน ฉุยเปี่ยนซึ่งชนะเจมส์ ซ่งและได้รับเลือกเป็นประธานาธิบดี เฉิน ฉุยเปี่ยนแต่เดิมตั้งใจจะเสนอให้หลี่เป็นนายกรัฐมนตรีด้วย หลี่ดำรงตำแหน่งประธานสถาบัน Academia Sinica ตั้งแต่ ค.ศ. 1994 โดยสละสัญชาติสหรัฐเพื่อรับตำแหน่ง[13] หลี่ยังมีส่วนร่วมสำคัญในการแต่งตำราประวัติศาสตร์ไต้หวันชื่อ โนวิงไต้หวัน ในฐานะประธานสถาบัน Academia Sinica ด้วย[14]

เฉิน ฉุยเปี่ยนได้ขอให้หลี่เป็นตัวแทนสาธารณรัฐจีนในการประชุมผู้นำประเทศในกลุ่มความร่วมมือทางเศรษฐกิจเอเชีย-แปซิฟิกที่ประเทศเม็กซิโกใน ค.ศ. 2002 ที่ประเทศไทยใน ค.ศ. 2003 และที่ประเทศชิลีใน ค.ศ. 2004 เนื่องจากสาธารณรัฐประชาชนจีนไม่ยอมให้ประธานาธิบดีสาธารณรัฐจีนเข้าร่วมการประชุม[15] ในเดือนมกราคม ค.ศ. 2004 หลี่ร่วมกับนักธุรกิจด้านอุตสาหกรรม หวัง หย่งชิ่ง และผู้กำกับการแสดงละครเวที หลิน หฺวายหมินได้แสดงเจตนารมณ์ร่วมกันเพื่อสนับสนุนทั้งเฉิน ฉุยเปี่ยนและเหลียน จ้าน และหลี่ได้ประกาศสนับสนุนเฉินอีกครั้งในการเลือกตั้งประธานาธิบดีไต้หวัน ค.ศ. 2004

ระหว่างการเลือกตั้งประธานาธิบดีไต้หวัน ค.ศ. 2012 หลี่ได้ประกาศสนับสนุนไช่ อิงเหวินจากพรรคประชาธิปไตยก้าวหน้า และในช่วงต้น ค.ศ. 2016 เขาได้สนับสนุนพรรคอำนาจใหม่ซึ่งก่อตั้งโดยนักศึกษาที่เข้าร่วมในขบวนการนักศึกษาทานตะวัน[16]